Laboratoř Konfokální a Fluorescenční Mikroskopie
Představení činností
sekčních servisních laboratoří
Čtvrtek 14. 6. 2018, 10:00 hodin
Mgr. Ondřej Šebesta
Laboratoř Konfokální a Fluorescenční Mikroskopie
● Sekční servisní pracoviště poskytující služby v oblasti optické a fluorescenční mikroskopie v OpenAcces režimu.
● Založena roku 2004 pod vedením Doc. Forstové.
● Od roku 2006 funguje pod dozorem Mgr. Šebesty, který byl jmenován vedoucím 2018.
● Od roku 2015 rozšíření a vybavení dalším konfokálním mikroskopem a super-resolution mikroskopem.
● Od roku 2018 další rozšíření a vybavení Lightsheet mikroskopem, novým live-cell imaging systémem, Virtual-slide systémem a dalším konfokálním
mikroskopem.
● Do budoucna je třeba posílit personální zajištění chodu a nabízených služeb. V úvahu připadá také další rozšíření přístrojového vybavení.
Doc. RNDr. Jitka Forstová, CSc.
Leica TCS SP2
● Konfokální mikroskop z roku 2004
● Odpracoval 12 877 hodin.
● 2014 byl jako první zprovozněn na WIN7
● 18.6.2018 bude přestěhován na V5 do laboratoře Kateřiny Schwarzerové
● Stále vhodný pro všechny obrázky s vysokým rozlišením.
2004 2005
2006 2007
2008 2009
2010 2011
2012 2013
2014 2015
2016 2017 0:00
240:00 480:00 720:00 960:00 1200:00 1440:00
Přehled využití Leica TCS SP2
Roky
Celkový počet účtovaných hodin
Trendy využití v jednotlivých měsících
2017 2016 2015 2014 2013 2012 2011 2010 2009 2008 2007 2006 2005
Olympus Cell^R - Scan^R
● Wide-field systém optimalizovaný pro pozorování živých buněk.
● 2015 rozšířen o funkci Scan^R pro High Troughput Imaging (HTI)
● Výborná kamera dává v kombinaci s dobrými objektivy a případnou dekonvolucí skvělé obrázky
● Volně kombinovatelné excitační a emisní filtry
● Komůrka OKOLAB s kontrolou teploty -5°C až 50°C
● Plyny: CO2 0-20%, O2 1-95%
● Výměnné inserty pro sklíčka, petriho misky a všechny typy multiwell destiček
● Umístěna na vozíku pro možné použití i na jiných mikroskopech.
Zeiss Elyra SP.1 super-resolution
● Optický nanoskop z roku 2015
● SIM – Structured illumination microscopy
● PALM, STORM – lokalizační metody
● TIRF, VAEM
● Laser wide-field
● Lamp wide-field
● sCMOS a EM CCD kamera
● Potřeba naplnit indikátor 30ti vědeckých publikací do roku 2020 !!!
Mgr. Marie Olšinová Ph.D.
Expert na Elyru a super-resoluční techniky
Leden Únor
Březen Duben
Květen Červen
Červenec Srpen
Září Říjen
Listopad Prosinec 00:00
120:00 240:00 360:00 480:00 600:00
Využití Zeiss LSM 880
2018 2017 2016 2015
celkem hodin
Zeiss LSM 880 konfokální mikroskop
● Konfokální mikroskop z roku 2015
● 2x PMT 1x spektrální 32-kanálový GaAsP detektor
● 1P lasery 405, 458, 488, 514, 561, 633 nm
● 2P Ti:Sa laser Chameleon Ultra II laditelný od 690 do 1080 nm
● 1x FLIM detektor B&H
● 2x NDD detektor
● Od roku 2015 již 3918 účtovaných hodin
● Argonový laser běžel 4567 hodin, tj. 15%
plonkového času!
● Potřeba naplnit indikátor 50ti vědeckých publikací do roku 2020 !!!
RNDr. Radek Macháň Ph.D.
Expert na Elyru a super-resoluční techniky FLIM – Fluorescence Live-time Imaging FCS / FCCS – Fluorescence correlation spectroscopy
Poděkování v publikacích
Pokud budete výsledky měření na našich mikroskopech publikovat, uvádějte, prosím, dedikaci v českém nebo anglickém znění:
„Microscopy was performed in the Laboratory of Confocal and Fluorescence
Microscopy co-financed by the European Regional Development Fund and the state budget of the Czech Republic. Project no. CZ.1.05/4.1.00/16.0347 and
CZ.2.16/3.1.00/21515“
„Mikroskopická část práce vznikla v Laboratoři Konfokální a Fluorescenční
Mikroskopie, která je spolufinancována Evropským fondem pro regionální rozvoj a státním rozpočtem České republiky. Registrační čísla projektů:
CZ.1.05/4.1.00/16.0347 a CZ.2.16/3.1.00/21515“
Děkujeme.
Modernizace infrastruktury pro magisterské studium
Zeiss Z1
Lightsheet
Leica TCS SP8
Konfokální mikroskop
NIKON Eclipse Ti2-E
wide-field nejen pro živé buňky
Zeiss AxioScan
Virtual slide system
Zeiss Lightsheet Z1
● 2x sCMOS kamera s vodním chlazením
● Pevnolátkové lasery 405, 488, 561, 638 nm
● Páry 5x a 10x excitačních objektivů
● Em. objektivy 5x/0,16 10x/0,5 20x/1,0 40x/1,0
● Komůrky pro clearing 1,38 a 1,45 s 20x/1,0 objektivy s korekčními kroužky
● Speciální komůrka n=1,45 pro 5x objektiv
● Licence ZEN a ARIVIS pro 3D visualizaci
● Analyzační počítač s 36TB místa na disku
● Vyhřívaná komůrka s CO2
Cena 14,5 mil. Kč s DPH
Instalace cca v půli prázdnin 2018 Umístění: S39
Možnost upgrade o 445 nm laser za cca 750 tis. Kč.
Leica TCS SP8
● High-end konfokální hlava Liachroic s optikou VISIR na plně motorizovaném Leica DMi8 těle
● HW autofokus
● Lasery 405, Argon 458, 488, 514 65mW, 561, 633
● 7 fps 512x512 při FOV 22 mm
● 1xPMT detektor, 1xHyD detektor, 1xTLD pro procházející světlo.
● Objektivy 10x/0,3 20x/0,75 multiim. 63X/1,2 w a 63x/1,4 Oil, vše s DIC
● Přesný motorizovaný stolek
● Software pro skládání mozaikového obrazu, HCS a udržení pohyblivého objektu v zorném poli
Cena 6,5 mil. Kč s DPH
Instalace cca v půli prázdnin 2018 Umístění: S39
Možnosti upgradů
1) Bílý laser s AOBS a gating funkcí 2) Další HyD dektory
3) Interní FLIM detektory 4) Lightsheet DLS modul
●
STED
●
FCS
NIKON Eclipse Ti2-E pro živé buňky
● Plně motorizované invertované tělo Eclipse Ti2-E
● Perfect Focus System – HW autofokus
● Motorizovaný stolek
● DIC na objektivech 10x +
● Excitace CoolLED pE-4000: 16 excitačních LED diod
● Multipásmová dichroická zrcátka
● Bariérové emisní filtry na samostatném výměníku
● Objektivy: 4x/0,1 10x/0,3 20x/0,5 40x/0,75 60x/1,4 oil
● Hamamatsu ORCA-Flash 4.0 V3 – 30 resp. 100Fps
● IS 5.0 Mpix USB 3.0 color camera, 25 fps
● Antivibrační podložky Eppendorf
● OKOLAB vyhřívaná komůrka s CO2 , vyhříváním objektivů a humidifikátorem
● NIS-Elements AR
● 6D modul
● Programování pomocí C+ v základním SW; možnost rozšíření o moduly JOBS a GA3
Cena 3 mil. Kč s DPH
Instalace cca v půli prázdnin 2018 Umístění: Praktikum 108
Zeiss Axioscan.Z1 FL
● Mikroskop uzavřený ve světlotěsné bedně určený pro hromadné snímání mnoha preparátů
● Vytváří tzv. „virtual slides“ - digitální obrázky určené nejen pro online prohlížení
● Plně automatizovaný, sám hledá místa pro snímání a skládá velká pole
● Excitace Colibri.7 – 385, 430, 475, 511, 555, 590, 630, volitelně 750.
● Multipásmová dichroická zrcátka
● Bariérové emisní filtry na samostatném výměníku
● SW pro analýzu a on-line sdílení snímků
● Programování maker
Cena 4,5 mil. Kč s DPH
Instalace cca v půli prázdnin 2018 Umístění: Praktikum 108
Co tedy nabízí KONFMI?
● Automatizované snímání BF i FL na wide-field mikroskopech téměř v celém viditelném spektru (slabé vybavení pro spektrum CFP-like barviček)
● Konfokální snímání, multidimenzionální snímání (min. 3D)
● Měření emisních spekter vzorků
● Krátkodobá i dlouhodobá měření živých vzorků
● Možnost heat-shock experimentů
● Možnost hypo a hyperoxických experimentů
● Pozorování živých anaerobních vzorů
● Snímání rychlých dějů (pohyb váčků, bičíků, iontových odpovědí)
● Měření FRAP, FLIP, FRET
● Měření FLIM, FCS a FCCS, RICS
● Skládání detailních snímků velkých objektů (mozaika)
● HTS – High Throughput Imaging (takové slabší HCS)
● Měření v TIRF, VAEM, HILO
● Super-rozlišení na principu SIM a SMLM
….a co neumí KONFMI, umí BIOCEV
Co dalšího nabízí KONFMI?
… Kromě zajištění běžného provozu:
● Konzultace k experimentům a jejich provedení
● Pomoc při snímání, zpracování i analýze vašich dat
● Možnost dekonvoluce pomocí vašich obrázků v SVI Huygens softwaru
● Svá data stáhnete přes fakultní síť rovnou do svých počítačů
● Všechna vaše data, zatím, archivujeme od roku 2004 (cca 3 mil. Souborů).
Další rozvoj KONFMI
1) Zajištění IT infrastruktury pro data
2) Posílení personálního zajištění služeb
3) Další investice do přístrojového vybavení
IT infrastruktura
Při plném vytížení všech přístrojů lze očekávat až 50 TB měsíčně!!!
Důraz na pohodlí uživatelů
●
Jednotný rezervační a fakturační systém CF
●
Zabezpečená data na jednom místě
●
Správa dat v databázovém systému OMERO
●
Možnost vzdálené práce s velkými daty
●
